Le paysage chrétien du diocèse de Bordeaux est très divers ; les communautés présentes appartiennent aux confessions suivantes :
Orthodoxie
- Église grecque rue du Jardin Public
- Église roumaine rue Paul-Louis Lande
- Église russe à Bruges
- Église arménienne apostolique Saint François à Bègles
Église et communautés ecclésiales issues de la Réforme
- Église protestante unie de France : diverses communautés à Bordeaux et dans la métropole, plus disséminées dans le monde rural
- Église baptiste rue Soubiras
- Église évangélique : diverses communautés
- Église adventiste chapelle Jasmin à Caudéran.
Le service de l’unité des chrétiens n’est pas seulement un service parmi d’autres, c’est une des priorités du pontificat du pape François et de la vie ecclésiale cela passe par : discerner et mettre en évidence les valeurs d’unité déjà vécues (par exemple un document de préparation au mariage commun aux Églises de la Réforme et à l’Église diocésaine). Mettre en évidence les besoins et inciter à la conversion.
Un des enjeux est de conscientiser les prêtres et les fidèles du caractère « incontournable et irréversible » de l’engagement de l’Église catholique romaine dans la démarche œcuménique.
Les liens noués au fil des ans avec les responsables des autres confessions chrétiennes s’appuient sur des émissions radios (RCF) communes, des marches communes, des célébrations interconfessionnelles notamment le matin de Pâques et la semaine de prière pour l’unité du18 au 25 janvier chaque année.